Q.ScanSnap Home で複数枚の証憑をスキャンすると、1 つの PDF ファイルになり、個別のファイルで保存されない。

ScanSnap Home の設定で変更できます。個別の PDF ファイルか、個別の JPEG ファイルで保存することができます。
詳細な手順は下記を参照してください。

「ScanSnap Home - スキャン」画面を表示し、一覧から証憑をスキャンするときに選択するプロファイルを選び、右上の「プロファイル編集」画面を表示します。
「プロファイル編集」画面から、「スキャン設定」、「ファイル形式」のオプションボタンをクリック
「PDF 用紙分割」の設定で、「設定用紙枚数ごとに PDF ファイルを作ります」を選択し、「OK」ボタンをクリックします。
右上「×」閉じるボタンをクリックし、「ScanSnap Home - スキャン」を閉じます。

「ScanSnap Home - スキャン」画面を表示し、一覧から証憑をスキャンするときに選択するプロファイルを選び、右上の「プロファイル編集」画面を表示します。
「プロファイル編集」画面から、「スキャン設定」、「ファイル形式」を PDF から JPEG に変換し「保存」します。
右上「×」閉じるボタンをクリックし、「ScanSnap Home - スキャン」を閉じます。